La troisième année de la formation est consacrée à la deuxième année de master (M2). L’inscription dans une université est entièrement de la responsabilité de l’élève. Avec son tuteur ou sa tutrice, l’élève décide des compléments à apporter à sa formation : stage, groupes de travail, cours supplémentaires…
En fin d’année, les étudiant·es composent un mémoire, dit de Diplôme, qui récapitule tous les travaux personnels réalisés pendant leur scolarité, en y ajoutant une présentation d’un domaine de recherche. Ce mémoire fait l’objet d’une soutenance orale obligatoire pour la validation du diplôme de l’ENS mention mathématiques.